تمتد جذور فكرة " الباطنية " إلى قرون سحيقة ، جراء ظهور حركات تتخفى من أعين الرسمي من السلطة الحاكمة في هذا المكان او ذاك .

وهي " واحدة من أكثر الطوائف الدينية إثارة للجدل في التاريخ الإسلامي ، والمصطلح يطلق على عدة فرق إسلامية مختلفة منها، الإسماعيلية والقرامطة والخرمية، وقد تشير أيضا إلى فرق غير إسلامية كالمزدكية، إلا أنه يطلق بشكل مخصوص على الفرقة الإسماعيلية.

لفظ الباطنية المأخوذ من كلمة بطن بمعنى خفي فهو باطن، جمعه بواطن، واستبطن أمر "

ويذهب البحث العلمي بعيدا حين يرى في  الباطنية " لقب عام تشترك فيه عدة فرق وينضوي تحت لوائه طوائف متعددة القاسم المشترك بينها تأويل النصوص الشرعية عن معناها الظاهر إلى معان باطنية غير معهودة " ومعروف لدى المسلمين شرعاً أو لغة أو عقلاً ومن أشهر هذه الفرق طائفتا الإسماعيلية والقرامطة " التي  يعدها  البعض حركات معارضة احتجاجية ، ويسوغ وجودها بانها نتاج دولة الظلم ، وشيوع الفقر والتمييز العرقي ،

ويذهب عدد من الباحثين بانها ؛

 ً وصف يطلق للفئة التي تقول: «إن النصوص الدينية لها معنيان: أحدهما ظاهر يفهمه الناس بواسطة اللغة، وبمعرفة أساليب الكلام، والثاني باطن لا يدركه إلا الذين اختصهم الله بهذه المعرفة،" ويذهب المغالون  من الباطنيين الذين ينكرون يوم القيامة والنشور والبعث، و ينكرون النار والجنة، ويقولون بعودة كل شيء إلى أصله، فالإنسان يتكون من عالم جسمانى وروحاني، الجسمانى يتحلل ويعود إلى أصله فى الطبيعة، والروحانى هو النفس، فإذا كانت صالحة تتحد بالعالم الروحاني، وأما إذا كانت فاسدة تظلُّ فى العالم الجسمانى وتتناسخها الأجساد." وهذا الرأي فيه كثير من المغالاة والقصدية ،

ولعل من اشهر  الباطنيين في التاريخ هو حسن الصباح   ( 1037 -1124م)، وُلد وتوفي في فارس (إيران). كان يلقب ب (شيخ الجبل ) هو مؤسس ما يعرف بـ الدعوة الجديدة أو الطائفة الإسماعيلية النزارية المشرقية أو الباطنية أو الحشاشون حسب التسمية الأوروبية.

مع توكيد اختلاف المؤرخين  على أسباب تسمية الحشاشين بهذا الاسم، " فعزاه البعض إلى الحشيش الذى كان مقاتلو هذه الجماعة يتعاطونه، أما البعض الآخر، فعزوا التسمية إلى أن الأصل الاشتقاقي لكلمة الحشاشين هو Assassin، أي "القتلة" أو "الاغتياليون" ، وأرجح ان الاسم لا هذا ولا ذاك با متأت من اضطرارهم لكل الحشائش بعد حصارهم في قلعة ألموت ، ست سنوات عجاف .

وهذه لفظة كان يطلقها الفرنسيون على الإسماعيلية الذين كانوا يفتكون بملوكهم وقادتهم.

.اختلف الباحثون في تحديد زمن ظهور مذهب الباطنية وهو خلاف  يفسر بأن  " من أصول مذهبهم عدم نشر عقائدهم وأفكارهم، بينما يذكر الإمام السيوطي أن أول ظهور للباطنية كان في سنة اثنتين وتسعين للهجرة، وذهب البعض إلى أن ظهورهم كان سنة 205هـ وقال آخرون سنة 250 ، ويرى البعض أن ظهور مذهب الباطنية كان سنة 276هـ حينما قام زعيمهم ميمون القداح بإنشاء هذا المذهب، وينسب البعض ظهور الباطنية إلى حسن الصباح، الملقب بالسيد أو شيخ الجبل،

تعرض الباطنيون للهجوم المستمر في محاربة دعوتهم ومحاولات تكفيرهم واعتبارهم خارجون عب الدين والعقيدة الإسلامية ،

كما ورد الإمام الغزالي في كتابه "فضائح الباطنية": ضرر الباطنية على فرق المسلمين أعظم ، فالباطنية ليست مذهبا إسلاميا أو فرقة من فرق أهل الإسلام، وإنما هي مذهب وطريقة أراد بها واضعوها

 إسقاط الدولة القائمة حتى قضى المغول بقيادة هولاكو على هذه الطائفة في بلاد فارس سنة 1256م حيث قام بمهاجمة الحشاشين واستطاع ان يستولي علي قلعة ألموت وعلي أكثر من 100 قلعة من قلاعهم وإحراق للقلاع والمكاتب الإسماعيلية قبل أن يتجه هولاكو لمهاجمة العباسيين وعاصمتهم بغداد وإحراقها، وسرعان ما تهاوت الطائفة في الشام أيضاً على يد الظاهر بيبرس سنة 1273م.

هل انتهت الباطنية ؟ بان اصل الفكرة التخفي لتكوين خلايا نائمةً، توقظ عند تنفيذ عمليات انتقامية ؟ كما هو سر وجود عدد منهم في التنظيمات المعاصرة كالإخوان المسلمين وداعش وخلايا اخرى تظهر بين حين واخر لإشاعة دين دعوي لا يكترث بالوجود الرسمي للدولة ، ويعتمد التكفير بهدف الإزاحة للوصول إلى كرسي الحكم باية وسيلة او ذريعة ، مع اتباع من المريدين والمغرر بهم ، للتبني العقائدي للأفكار